VIRUS SARS COV-2 Y ANTIVIRAL REMDESIVIR: CARACTERIZACION FISICO-QUIMICA POR MEDIO DE DOCKING, DFT E INTERACCIONES DE VAN DER WAALS

MÁRQUEZ BARRETO, ALEXICA CELINE (2023) VIRUS SARS COV-2 Y ANTIVIRAL REMDESIVIR: CARACTERIZACION FISICO-QUIMICA POR MEDIO DE DOCKING, DFT E INTERACCIONES DE VAN DER WAALS. Maestría thesis, UNIVERSIDAD AUTÓNOMA DE CHIHUAHUA.

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Resumen

La enfermedad causada por el coronavirus, conocido como SARS-CoV-2, se posiciono como una de las principales causas de muerte desde finales del 2019 a 2021. Actualmente se ha comprobado de manera experimental la eficacia de tres antivirales, incluyendo el Remdesivir, contra el virus SARS-CoV-2 pero a la fecha se desconocen aquellas propiedades a nivel molecular que brindan esta eficacia. La presente investigación tiene como objetivo analizar las propiedades fisicoquímicas de la interacción fármaco-virus a través de química computacional. Para cumplir con este objetivo, se realizó la obtención de las energías de atomización con los funcionales PBE, B3LYP y M06. A partir de las estructuras geométricamente optimizadas con el funcional M06, se obtuvieron los orbitales moleculares con sus energías correspondientes, los estados de transición de cada molécula y posteriormente se realizo el acoplamiento molecular virus-fármaco. La energía de atomización resulto más precisa utilizando el funcional M06, al obtener los orbitales moleculares se observa un cambio relevante al agregar soluto en la simulación. Al realizar el acoplamiento molecular, se obtuvo una energía de unión de -5.37 eV con una eficiencia de ligando de -0.16 eV en el auto ensamble con el Nucleótido Trifosfato, corroborando con resultados experimentales que indican que esta estructura es aquella que actúa contra el virus SARS-CoV-2. La energía de unión y de ligando entre el antiviral Remdesivir y el virus SARS-CoV-2, así como la energía de atomización y HOMO-LUMO del Remdesivir, son las propiedades fisicoquímicas que brindan la eficacia antiviral al fármaco frente al virus.

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