TRATAMIENTOS MULTIOBJETIVOS APLICADOS AL PROBLEMA DE PLEGAMIENTO DE PROTEÍNAS BAJO EL MODELO HP.

FLORES CHACÓN, MANUEL SERVANDO (2017) TRATAMIENTOS MULTIOBJETIVOS APLICADOS AL PROBLEMA DE PLEGAMIENTO DE PROTEÍNAS BAJO EL MODELO HP. Maestría thesis, UNIVERSIDAD AUTONOMA DE CHIHUAHUA.

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Resumen

Las proteínas son secuencias lineales de aminoácidos, estas deben ser capaces de plegarse correctamente sin más información que la codificación de aminoácidos que la conforman y las interacciones que se establecen entre ellos, bajo ciertas condiciones fisiológicas, las proteínas se pliegan hasta encontrar su conformación tridimensional nativa, o en otras palabras la conformación funcionalmente activa. El modelo Hidrofóbico-polar, es una abstracción del comportamiento de las proteínas, basado en las iteraciones hidrofobias que presentan ciertos aminoácidos. El modelo busca mediante una función de energía mono objetivo determinar cuál es la configuración proteica funcional. En la literatura existen diferentes versiones de la función de energía para el modelo, las cuales abordan el problema desde diferentes puntos de vista. Dentro de estas funciones se encuentran alternativas multiobjetivo, que buscan abundar sobre el espacio objetivo con la esperanza de que dicha búsqueda proporciones mejores resultados que la función de energía original. En este trabajo se presentan aspectos para trabajar con una versión multi-objetivo de la función de energía que utiliza el modelo, utilizando un algoritmo evolutivo multi-objetivo, implementado la filosofía “Hill climbing” sobre los operadores de variación. Los experimentos realizados, mostraron que el algoritmo propuesto, puede utilizarse con excitó para instancias de longitud menor o igual 36 para una retícula cuadrada en 2D, mientras que para una en 3D el algoritmo permitió tener resultados favorables para instancias menor o igual 18. No obstante al someter al algoritmo a instancias más grandes, el algoritmo muestra resultados competitivos con respecto a los mostrados en la literatura.

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